Biogeokemi, læren om de grundstoffer, der er i kredsløb mellem de levende organismer. Stofferne kommer fra omgivelserne, indbygges i organismerne og frigives igen til omgivelserne. Brint, ilt og kulstof er de vigtigste elementer i de biogeokemiske kredsløb. De udgør tilsammen mere end 99 % af det organiske stof. Kvælstofs og fosfors kredsløb har stor økologisk betydning, fordi væksten af planterne, som er det første led i fødekæderne, afhænger af disse stoffer.