John Day River er en ca. 450 kilometer lang biflod til Columbia River i det nordlige Oregon, USA. Langs flodløbet findes naturparken John Day Fossil Beds, der i tre adskilte lokaliteter rummer velbevarede rester fra Tertiærperioden af stamformer til bl.a. heste, hjorte og næsehorn. Ved John Day Dam nær udløbet i Columbia River ligger USA's næststørste vandkraftværk, som blev sat i drift i 1968.