Køge Å, begynder 15 km vest for Køge og har udløb gennem byen til havnen; åens øvre og midterste del er stort set reguleret, mens det nedre forløb har et naturligt åleje. Den følger en øst-vest-gående tunneldal med åse. Efter den fredede Regnemark Mose modtager den bl.a. tilløb fra Kimmerslev Sø, hvorfra der lukkes ekstra vand ud i tørre perioder, fordi Københavns Vandforsyning siden 1963 har tæret på oplandets grundvand, så åen næsten kan tørre ud. Ved Skovhus Vænge pumpes grundvand ud i åen; dalen er her smal, og i ålejet findes lag af Lellingegrønsand fra Paleocæn. Herfra til byen har åen slyngninger og indgår i landskabsfredninger fra 1952 og 1965 ved Gammel Lellingegård og Gammel Køgegård; i alt 350 ha. Køge Å er et af de fire sjællandske åsystemer, som er levested for den truede fiskeart pigsmerling, og åen er på grundlag heraf udpeget som EF-habitatområde. Langs Køge Å er anlagt en 22 km lang vandre- og cykelsti fra Køge til Badesøen ved Humleore og herfra til Borup Station.